Der Čertův mlýn besteht aus Godula-SandsteinFlyschschichten der Schlesischen Einheit mit einem höheren Anteil an widerstandsfähigen Sandsteinen als an Tonsteinen. Sie bilden die höchsten Rücken der Mährisch-Schlesischen Beskiden – Lysá hora, Kněhyně und Čertův mlýn. – einem harten Flyschgestein, in dem Sandsteine gegenüber weicheren Tonsteinen überwiegen. Eine feste Platte oben über nachgiebigeren Schichten unten ist das Rezept für einen instabilen Koloss.
Das Ergebnis ist die langsame Auflockerung des Gipfels durch Tiefenkriechen: Das Massiv gleitet ab, das Gestein reißt zu Spalten und abgelösten Blöcken auf, und entlang der Trennflächen der Blöcke verlaufen Höhlen und Schächte.
Am auffälligsten reißt der Berg ein Stück unterhalb des Gipfels auf: Nach Süden zieht sich eine rund hundert Meter lange Steinrinne, entstanden durch das Auseinandertreten der Felsblöcke. An ihrem Ende steht der Čertův stůl.
Wer heute den Gipfel erklimmt, steht auf einem Berg, der immer noch weiter aufreißt. Verstreute Felsblöcke, die Rinne wie gemeißelt, die Platte auf Sockeln – all das ist das Werk eines einzigen langsamen Vorgangs. Für die Menschen ergab das einst aber keinen Sinn, und so fanden sie einen anderen Schuldigen.